Ставропольский гарнизонный военный суд, являясь судом первой инстанции, в соответствии со ст. 1 Федерального закона "О территориальной юрисдикции гарнизонных военных судов" осуществляет свою деятельность на территориях городов Невинномысска и Ставрополя, Александровского, Андроповского, Апанасенковского, Грачевского, Изобильненского, Ипатовского, Кочубеевского, Красногвардейского, Новоалександровского, Петровского, Труновского, Туркменского и Шпаковского районов Ставропольского края, Городовиковского, Приютненского и Яшалтинского районов Республики Калмыкия.